3. Associomics of membrane proteins in two model organisms, yeast and arabidopsis (ASSOCIOPORT)

Förderkennzeichen: QLG2-CT-2001-01297

Das EU-Projekt Associoport stellte sich zur Aufgabe, ein „large scale“ Verfahren zur systematischen Identifikation von Protein-Protein Interaktionen mit der spezifischen Ausrichtung auf Membranproteine auf Basis des Split-Ubiquitin Systems zu etablieren. Als Modellorganismen dienten Saccharomyces cerevisiae und Arabidopsis thaliana.

Projektpartner:

• Zentrum für Molekularbiologie der Pflanzen (ZMBP)
  Eberhard-Karls-Universität Tübingen
• Lab. De Physiologie Cellulaire
  Université libre de Bruxelles
• Institut für Mikrobiologie
  Heinrich-Heine Universität Düsseldorf
• Departamento Microbiol. y Genetica
  Universidad de Salamanca
• Unité de Bioinformatique
  Université libre de Bruxelles
• Sympore GmbH, Tübingen
• GenExpress GmbH, Berlin

GenExpress als Industriepartner zeichnete sich verantwortlich für die Bereitstellung geeigneter PCR-Rodukte zur in vivo Rekombination dieser Fragmente in das Split Ubiquitin System (SUS). Sowie die Etablierung eines DNA-Chips für das Hefe/Arabidopsis Protein-Expressions-Monitoring.

Für die Generierung der PCR-Produkte etablierte GenExpress ein standardisiertes Verfahren zur optimalen Amplifikation aller relevanten Gene aus Arabidopsis und Hefe. Hierfür wurden Kluster ausgewählt die sich an der Länge der Fragmente orientierten (300bp-1000bp, 1000bp-3000bp und >3000bp). Die Variierung der PCR-Parameter ermöglichte die Hochdurchsatz-Amplikfikation von 419 Arabidopsis und 281 Hefe Genen im quantitativen Maßstab.

Im weiteren Verlauf stand die Frage im Raum, ob eine Anpassung des SUS über die Gateway-Technologie möglich ist. In diesem Zusammenhang wurden Genexpressionsvektoren auf Basis des Gateway-Systems entwickelt.