GenExpress Gesellschaft
für Proteindesign mbH
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3. Associomics of membrane proteins in two model organisms, yeast and arabidopsis (ASSOCIOPORT)
Förderkennzeichen: QLG2-CT-2001-01297
Das EU-Projekt Associoport stellte sich zur Aufgabe, ein „large scale“ Verfahren zur systematischen Identifikation von Protein-Protein Interaktionen mit der spezifischen Ausrichtung auf Membranproteine auf Basis des Split-Ubiquitin Systems zu etablieren. Als Modellorganismen dienten Saccharomyces cerevisiae und Arabidopsis thaliana.
Projektpartner:
- Zentrum für Molekularbiologie der Pflanzen (ZMBP)
Eberhard-Karls-Universität Tübingen - Lab. De Physiologie Cellulaire
Université libre de Bruxelles - Institut für Mikrobiologie
Heinrich-Heine Universität Düsseldorf - Departamento Microbiol. y Genetica
Universidad de Salamanca - Unité de Bioinformatique
Université libre de Bruxelles - Sympore GmbH, Tübingen
- GenExpress GmbH, Berlin
GenExpress als Industriepartner zeichnete sich verantwortlich für die Bereitstellung geeigneter PCR-Rodukte zur in vivo Rekombination dieser Fragmente in das Split Ubiquitin System (SUS). Sowie die Etablierung eines DNA-Chips für das Hefe/Arabidopsis Protein-Expressions-Monitoring.
Für die Generierung der PCR-Produkte etablierte GenExpress ein standardisiertes Verfahren zur optimalen Amplifikation aller relevanten Gene aus Arabidopsis und Hefe. Hierfür wurden Kluster ausgewählt die sich an der Länge der Fragmente orientierten (300bp-1000bp, 1000bp-3000bp und >3000bp). Die Variierung der PCR-Parameter ermöglichte die Hochdurchsatz-Amplikfikation von 419 Arabidopsis und 281 Hefe Genen im quantitativen Maßstab.
Im weiteren Verlauf stand die Frage im Raum, ob eine Anpassung des SUS über die Gateway-Technologie möglich ist. In diesem Zusammenhang wurden Genexpressionsvektoren auf Basis des Gateway-Systems entwickelt.